从1993年起，普通高等教育学历证书实行国家、省（自治区、直辖市）或国务院有关部门、学校三级管理。教育部（原国家教委）对地区、部门按招生计划及实际毕业（结业）人数进行总量控制，统一印制普通高等学校毕业和结业证书或证书的内芯；制定有关学历证书的管理规定和实施办法；对学生的毕业（结业）资格审查和证书的办法工作进行检查、监督。2000年，教育部开始建立普通高等教育学历证书电子注册制度，此项改革将使教育部不再统一印制高等教育学历证书内芯，改由高等学校自行印制，但必须进行电子注册，并供网上查询。2000年在北京、天津、辽宁、湖北、重庆五省市试点，2001年在全国实行各类高等教育学历证书电子注册制度。